Pētniecības institūta kā Latvijas Jūras akadēmijas (LJA) struktūrvienības darbība sākās 2010. gada 31. augustā, kad LJA Senāta sēdē bija pieņemts lēmums par institūta izveidi. 2011. gada janvārī bija izsludināts konkurss uz vakantajiem akadēmiskajiem amatiem, bet 2011. gada 28. martāLJA Senāts, izvērtējot pretendentu atbilstību izvirzītājām prasībām,ievēlēja amatos 2 vadošos pētniekus un 3 pētniekus.

2011. gada 18. maijā notika Pētniecības institūta Zinātnieku pilnsapulce, kurā tika ievēlēta institūta Zinātniskā padome, kā arī tika organizēta jaunievēlētās Zinātniskās padomes pirmā sēde, kurā par padomes priekšsēdētāju bija ievēlēts Dr. sc. ing. Arnis Zāģeris, bet par Pētniecības institūta direktoru – profesors Dr. sc. ing. Jānis Bērziņš. 

2011. gada 19. jūlijā Pētniecības institūts tika reģistrēts Zinātnisko institūciju reģistrā (reģistrācijas Nr. 321156).